پژوهشگاه مطالعات اسلامی فعالیت رسمی خود را از تابستان 1399 و با هدف زمینه‌سازی برای تعمیق دانش و گسترش پژوهش‌های دینی، نظریه‌پردازی و طرح اندیشه‌های جدید در حوزه علوم و معارف اسلامی به‌ویژه در حوزه مطالعات زنان و خانواده و پاسخگویی محققانه و روزآمد به پرسش‌ها و شبهات؛ زمینه‌سازی برای تربیت پژوهشگران متخصص و ایجاد فضای مناسب جهت رشد و ارتقای توانمندی‌های پژوهشی آنان؛ پاسخگویی به نیازهای اساسی جامعه و نظام اسلامی در حوزه مأموریت؛ تقویت و تثبیت مرجعیت علمی حوزه‌های علمیه در تولید و عرضه دانش‌های اسلامی؛ کارآمدسازی دانش‌های دینی در مواجهه فعال با نیازها، چالش‌ها و پرسش‌ها و مسائل نوپدید؛ تقویت توان پژوهشی دانش‌آموختگان جامعه الزهرا سلام‌الله‌علیها و بهره مندی از ظرفیت های پژوهشی آن‌ها آغاز کرد.